学院内设综合管理部、人力资源部（党委办公室）、纪检监察审计部、计划财务部、科学研究部、教育培训部、教学研究部、对外交流与培训开发部等8个内设部门，并下设深投教育集团、高级经理研修院、荔园酒店等直属机构。
