学院内设综合管理部、人力资源部(党委办公室)、纪检监察审计部、计划财务部、科学研究部、教育培训部、教学研究部、对外交流与培训开发部等8个内设部门,并下设深投教育公司、深圳市经理进修学院、荔园酒店、港澳分院等直属机构。